קיבוץ עין השלשה נמצא מזרחית לפתח תקוה ומערבית לראש העין.
הוראות נסיעה למגיעים מגוש דן: נוסעים מזרחה בכביש 5 עד מחלף קסם ופונים דרומה בכביש 6 לכיוון ראש העין. הכניסה לעין השלשה נמצאת בערך מול ראש העין, מצד ימין של כיוון הנסיעה (למגיעים מהצפון).
שתי דרכים לעלות על כביש 5: נוסעים באיילון צפון עד מחלף גלילות ופונים מזרחה; או: בכביש 4 ("כביש גהה") פונים מזרחה במחלף מורשה.